pymol电脑版

pymol教育版是特定行业开发的三维分子模型设计软件，软件提供超级多的小工具去轻松搭建分子模型，便捷的操作，简单的绘制，自由进行设计，让你轻松上手开始学习。

pymol官网简介

PyMOL是一款相当优秀的三维分子模型软件，使用其集成的光线跟踪图形技术，它可以渲染具有更平滑的表面边界，增强的阴影和反射效果的3D分子结构。软件支持多种图像格式，包括PDB，SDF和电子密度图，便捷的操作方式加上适合于各种不同的操作系统更有强大的兼容里更新以及全面的绘图等你来加入。

软件特色

自定义完成对脚本的支持

并且对原来的接口进行取代

而且该软件的接口可以对TCL、TK的平台上使用

分布的方式比较的直观，让用户可以清晰的查看到您需要的内容

兼容性比较的强，对各种第三方的插件支持

软件优势

借助此分子可视化系统，可以以3D模式对蛋白质，其密度，轨迹和表面进行细微分析

原生视网膜分辨率/ 4k显示支持

新的APBS插件面板

pymolrc脚本编辑器，突出显示语法

停靠/取消停靠并重新排列某些面板(生成器，反馈浏览器，音量编辑器)

支持触控板手势(捏放大/缩小，z旋转)

用于打开MAE文件，MTZ文件，地图和轨迹文件的专用对话框

pymol安装教程

Window系统的pymol运行需要依赖python环境，PMW模块。

而Pymol的安装是通过一个python包（Python Wheels）安装的，因此在开始之前，我们需要根据系统的位数（32位还是64位）以及python的版本来选择pymol包进行下载。

比方说，系统是windows 64位，系统中有python 3.7（或者打算安装python 3.7），那么我们就可以有2个选择，可以选择下载pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4.

如果有更新的pymol包，可以到这个网址进行查看：https://www.python.org/

安装python环境

1、如果系统中已经有了python环境，则跳过这一步。可以通过命令行：python –V来查看python的版本号。

2、进入python官网下载windows版的安装包，网址：https://www.python.org/downloads/

3、注意的是下载的安装包要和windows系统位数对应，x86对应的是32位系统；x86-64对应的是64位系统，我们就以python 3.7为例，由于我们的系统是64位的，4、所以下载的安装包为：Windows x86-64 executable installer

5、下载完成后，双击进行安装，记得勾选上Add Python to environment variables，不然后续命令行操作会出现问题。

6、如果安装成功，Win+R，cmd进入命令行，键入python –V就可以看到python的版本号，同时也说明安装成功。如果报错“python不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。”那么说明python的地址没有加入环境变量。

安装PMW

命令行键入：python -m pip install pmw

提示说成功安装pmw，Successfully installed pmw-2.0.1

下载并安装pymol包

根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载，放在某个磁盘根目录。在这里，我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，并放在D:/根目录。

命令行下，将盘符切换到D:盘，键入命令：python -m pip  install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

提示安装成功

找到pymol主程序的位置

本文中pymol的主程序地址为：C:\Users\Python37\Scripts\pymol.exe

其中红色背景部分应该会与不同电脑设置及python版本相一致。